Simulation Search Results
Filtered by:
- Iones: SOD
| ID ▲ | Temperature (K) ▲▼ | Length (ps) ▲▼ | Area per lipid ▲▼ | OP Quality: total ▲▼ | Form factor quality ▲▼ | Quality: headgroups, tails | Software | Force field | Lipids | Ions | Experimental Data | Actions |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 600 | 320 | 434500 | 64.06 | N/A | N/A |
|
gromacs | CHARMM36 with NBFIX for calcium ions | POPS, POPC | CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD | No | View |
| 601 | 323 | 190010 | 57.35 | N/A | N/A |
|
gromacs | Berger with DMTAP modification by Gurtovenko et al. | DMPC, DMTAP | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 605 | 310 | 100010 | 57.97 | N/A | N/A |
|
gromacs | Lipid17 | POPG | SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD | No | View |
| 611 | 323 | 120020 | 64.21 | N/A | N/A |
|
gromacs | Berger-DPPC-98 | DPPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 616 | 310 | 300020 | 60.04 | N/A | N/A |
|
gromacs | Lipid17 | POPG | SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD, SOD | No | View |
| 618 | 320 | 436600 | 62.84 | N/A | N/A |
|
gromacs | CHARMM36 with NBFIX for calcium ions | POPS, POPC | CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD, CLA, CAL, SOD | No | View |
| 621 | 310 | 50020 | 54.59 | N/A | N/A |
|
gromacs | Berger | POPS, POPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 732 | 303 | 474930 | 61.11 | N/A | N/A |
|
openMM | Charmm-Drude polarizable; system has been equilibriated using Charmm36 | POPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 733 | 303 | 513660 | 61.36 | N/A | N/A |
|
openMM | Charmm-Drude polarizable; system has been equilibriated using Charmm36 | POPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 735 | 303 | 218400 | 69.76 | N/A | N/A |
|
openMM | AMOEBA | DOPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 738 | 303 | 520610 | 61.97 | N/A | N/A |
|
openMM | Charmm-Drude polarizable; system has been equilibriated using Charmm36 | POPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 740 | 303 | 201600 | 68.9 | N/A | N/A |
|
openMM | AMOEBA | DOPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 745 | 303 | 513490 | 61.5 | N/A | N/A |
|
openMM | Charmm-Drude polarizable; system has been equilibriated using Charmm36 | POPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 758 | 303 | 223970 | 64.31 | N/A | N/A |
|
openMM | Charmm-Drude polarizable2023 | POPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |
| 759 | 303 | 220140 | 63.29 | N/A | N/A |
|
openMM | Charmm-Drude polarizable | POPC | SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA, SOD, CLA | No | View |